A különbség a Microarray és az RNS szekvenálás között | Microarray vs RNS szekvenálás
Key Difference - Microarray vs RNS Sequencing
A transzkriptom a sejtben jelen lévő RNS teljes tartalmát jelenti, beleértve az mRNS-t, az rRNS-t, a tRNS-t, a degradált RNS-t és a nem-elvont RNS-t. A transzkriptum profilozása fontos folyamat a sejtek megértéséhez. Számos fejlett módszer létezik a transzkripciós profilalkotáshoz. A Microarray és az RNS szekvenálás kétféle technológiát fejlesztett ki a transzkriptum elemzésére. A mikroarray és az RNS szekvenálás között a legfontosabb különbség az, hogy a mikroarray a tervezett címkézett próbák hibridizációs potenciálján alapul, cél cDNS-szekvenciákkal, míg az RNS szekvenálás a cDNS-szálak közvetlen szekvenálásán alapul fejlett szekvenálási technikákkal, például NGS-sel. A Microarray-t a szekvenciákkal kapcsolatos ismeretekkel végezzük, és az RNS-szekvenciát a szekvenciák előzetes ismerete nélkül végezzük.
Tartalomjegyzék
1. Áttekintés és kulcskülönbség
2. Mi a Microarray
3. Mi az RNS szekvenálás
4. Side by Side összehasonlítás - Microarray vs RNS szekvenálás
5. Összefoglaló
Mi a Microarray?
A Microarray robusztus, megbízható és nagy áteresztőképességű módszer a tudósok transzkripciós profilozásához. Ez a legnépszerűbb megközelítés a transzkripciós elemzéshez. Ez egy olcsó módszer, amely a hibridizációs próbától függ.
A technika az mRNS extrakciójából indul ki a mintából, és a teljes RNS-ből származó cDNS-könyvtárból. Ezután egy szilárd felületen fluoreszcensen felcímkézett előre tervezett próbákkal keverve (spot mátrix). A komplementer szekvenciák hibridizálnak a jelölt próbákkal a mikroarray-ban. Ezután a mikroarray-t mossák és átszűrik, és a képet számszerűsítik. A gyűjtött adatokat elemezni kell, hogy megkapják a relatív kifejezésprofilokat.
A mikroarray-próbák intenzitása feltételezhető, hogy arányos a mintában lévő transzkriptumok mennyiségével. A technika pontossága azonban a tervezett próbáktól, a szekvencia előzetes ismerete és a hibridizációs próba affinitása függvénye. Ezért a microarray technológia korlátai vannak. A Microarray technikát nem lehet alacsonyabb abundancia-átiratokkal végrehajtani. Nem különbözteti meg az izoformákat és azonosítja a genetikai változatokat. Mivel ez a módszer a próbák hibridizációjától függ, néhány hibridizációs problémát, például kereszt-hibridizációt, nem specifikus hibridizációt stb.történik a microarray technikában.
01. ábra: Microarray
Mi az RNS szekvenálás?
RNS puskák szekvenálása (RNS szekvencia ) egy nemrégiben kifejlesztett teljes transzkriptum szekvenálási technika. Ez egy gyors és nagy átmeneti módszer a transzkripciós profilalkotáshoz. Közvetlenül számszerűsíti a gének expresszióját, és a transzkriptóm mélyreható vizsgálatát eredményezi. Az RNS seq nem függ a tervezett próbáktól vagy a szekvenciák előzetes ismeretétől. Ezért az RNS seq módszer nagy érzékenységgel és új gének és genetikai változatok kimutatására képes.
Az RNS szekvenálási eljárást több lépésben végezzük. A sejt teljes RNS-ét izolálni és fragmentálnia kell. Ezután reverz transzkriptázt alkalmazva cDNS könyvtárat kell készíteni. Minden cDNS-szálat adapterekkel kell ligálni. Ezután a ligált fragmenseket amplifikálni és tisztítani kell. Végül NGS módszer alkalmazásával végre kell hajtani a cDNS szekvenálását.
02. ábra: RNS szekvenálás
Mi a különbség a Microarray és az RNS szekvenálás között?
- diff Artikkel Közel a táblázat előtt ->
Microarray vs RNS Sequencing |
|
| A Microarray egy robusztus, megbízható, nagy átviteli módszer. | Az RNS-szekvenálás pontos és nagy áteresztőképességű módszer. |
| Költség | |
| Ez egy olcsó módszer. | Ez egy drága módszer. |
| Nagyszámú minta elemzése | |
| Ezzel egyidejűleg nagy számú mintát elemezhetünk. | Ez nagyszámú mintát elemez. |
| Adatelemzés | |
| Az adatok elemzése összetett. | Ebben a módszernél több adat keletkezik; így a folyamat összetettebb. |
| A szekvenciák előzetes ismerete | |
| Ez a módszer hibridizációs próbákon alapul, tehát a szükséges szekvenciák előzetes ismerete. | Ez a módszer nem függ a korábbi szekvenciaismeretektől. |
| Strukturális variációk és új gének | |
| Ez a módszer nem képes kimutatni strukturális változatokat és új géneket. | Ez a módszer képes érzékelni a strukturális változatokat, mint például a génbeolvasztást, alternatív összekapcsolást és az új géneket. |
| Érzékenység | |
| Ez nem érzékeli az izoformák expressziójának különbségeit, ezért ez korlátozott érzékenységgel bír. | Ez nagy érzékenységgel bír. |
| Eredmény | |
| Ez csak viszonylagos kifejezésszintet eredményezhet. Ez nem jelenti a génexpresszió abszolút számszerűsítését. | Abszolút és relatív expressziós szintet ad. |
| Data Reanalysis | |
| Ezt újra kell vizsgálni, hogy újraelemezhessük. | A szekvenálási adatok újraszámolhatók. |
| Különleges személyzet és infrastruktúra szükségessége | |
| A mikroarray esetében nem szükséges különleges infrastruktúra és személyzet. | Az RNS-szekvenáláshoz szükséges speciális infrastruktúra és személyzet. |
| Technikai kérdések | |
| A Microarray technikának olyan technikai kérdései vannak, mint a kereszt-hibridizáció, a nem specifikus hibridizáció, az egyedi próbák korlátozott detektálási sebessége stb. | Az RNS technika kiküszöböli a technikai kérdéseket, például a kereszt-hibridizációt, a nemspecifikus hibridizációt, az egyedi próbák detektálási sebessége stb. |
| Biases | |
| Ez egy elfogult módszer, mivel a hibridizációtól függ. | Az alacsony torzítás a microarray-hoz képest alacsony. |
Összegzés - Microarray vs RNS szekvenálás
A Microarray és az RNS szekvenálási módszerek nagy transzparens platformok, amelyeket a transzkripciós profilalkotáshoz fejlesztettek ki. Mindkét módszer eredményeket eredményez, amelyek nagymértékben korrelálnak a génexpressziós profilokkal. Azonban az RNS-szekvenálásnak előnyei vannak a génexpressziós analízis mikroarray-jával szemben. Az RNS-szekvenálás sokkal érzékenyebb módszer az alacsony bőségbeli transzkriptumok kimutatására, mint a mikroarray. Az RNS szekvenálás lehetővé teszi az izoformák és a génváltozatok azonosítását is. Azonban a microarray a legtöbb kutató közös választása, hiszen az RNS szekvenálás új és drága technika az adattárolási kihívásokkal és a komplex adatelemzéssel.
Referenciák:
1. Wang, Zhong, Mark Gerstein és Michael Snyder. "RNS-Seq: a forradalmi eszköz a transzkriptomikra. "A természet áttekintése. Genetika. U.S. Orvostudományi Könyvtár, 2009. január. Web. 2017. március 14.
2. Rogler, Charles E., Tatyana Csajkovszkaja, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert és Leslie E. Rogler. "RNS-expressziós mikroarray-ok (REMs), nagy átmeneti módszer a génexpresszió különbségeinek mérésére különböző biológiai mintákban. "Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2004. január 01. Web. Március 15, 2017
3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo és Xuejun Liu. "Az RNS-Seq és a Microarray összehasonlítása az aktivált T sejtek transzkripto-profiljába. "PLOS ONE. Public Library of Science, 2014. január. Web. 15 Március 2017
Képtelenség:
1. "Folyóirat. pcbi. 1004393. g002 "Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) a Commons Wikimedia alatt
2. "Microarray" Bill Branson (Fotós) - Nemzeti Rákkutató Intézet (Public Domain) Commons Wikimedia alatt
