Különbség RT PCR és QPCR között | RT PCR vs QPCR
Kulcskülönbség - RT PCR vs QPCR
A polimeráz láncreakció egy olyan technika, amelyet egy in vitro specifikus régió amplifikálására használnak. Ennek a technikának Kary Mullis által 1983-ban történő felfedezésének köszönhetően a tudósok képesek kutatási célból ezer-millió példányban különféle DNS-fragmenseket készíteni. Jelenleg a klinikai és kutatólaboratóriumok közös és rutinszerűen elvégzett technikájává váltak a széles körű alkalmazások számára. A hagyományos PCR technika, például az RT PCR, a beágyazott PCR, a multiplex PCR, a Q PCR, az RT-QPCR, stb. Változatai vannak. Az RT PCR és a Q PCR a PCR két fontos változata. Az RT PCR és a Q PCR között a legfontosabb különbség az, hogy RT PCR-t használnak a komplementer DNS (cDNS) transzkriptumok létrehozásán keresztül a génexpresszió kimutatására RNS , míg Q PCR hogy a PCR-termékek valós idejű mennyiségi mérése fluoreszkáló festékek alkalmazásával.
Tartalomjegyzék
1. Áttekintés és kulcskülönbség
2. Mi az RT PCR
3. Mi a QPCR
4. Side by Side Összehasonlítás - RT PCR vs QPCR
5. Összegzés
Mi az RT PCR?
A fordított transzkripciós polimeráz láncreakció (RT PCR) a PCR egyik változata, amelyet az RNS expresszió kimutatására használnak. Ez egy nagyon fontos módszer a mRNS expresszió kimutatására szövetekben. RT PCR-t alkalmazunk, ha a minta kiindulási anyaga RNS. RT-PCR-ben a templát mRNS először komplementer DNS-vé alakul át. Ezt a lépést a reverz transzkriptáz enzim katalizálja, és az eljárást fordított transzkripciónak nevezik. Másodszor, a hagyományos PCR-t alkalmazzuk az újonnan szintetizált cDNS-hez az amplifikációhoz.
-2 ->RT PCR egy nagyon érzékeny technika, amely viszonylag kis mennyiségű RNS mintát igényel. Az RT-PCR-t általában az RNS-fajok, különösen az RNS-vírusok, mint például a humán immunhiányos vírus és a hepatitis C vírus diagnosztizálására és mennyiségi meghatározására használják.
01. ábra: RT PCR technika
Mi a QPCR?
A kvantitatív PCR (QPCR) a PCR egyik változata, amelyet a PCR termékek mennyiségi mérésére használnak. Valósidejű polimeráz láncreakciónak is nevezik, mivel valós idejű PCR-készülékkel méri a valós idejű erősítést. Megfelelő módszer egy mintában jelen lévő célszekvencia vagy gén mennyiségének meghatározására. A QPCR érdekes tulajdonsága, hogy mind az erősítést, mind az igazi számszerűsítést egyetlen lépésben ötvözi. Ezért a gélelektroforézis kimutatásának szükségessége QPCR technikával kiküszöbölhető. A QPCR fluoreszcens festéket használ a PCR-termékeknek a PCR-reakciók során történő kimutatására, ami végül közvetlen számszerűsítéshez vezet.Amikor a PCR termékek felhalmozódnak, a fluoreszcens jelek is felhalmozódnak, és azt a valós idejű gép fogja mérni. A QPCR kombinálható RT PCR-rel. RT-QPCR vagy QRT-PCR néven ismert, és a legerősebb, érzékeny és kvantitatív módszer az RNS-szintek kimutatására a sejtekben vagy szövetekben.
A SYBR Green és a Taqman két módszert alkalmaznak a valósidejű PCR amplifikációs folyamatának kimutatására vagy megfigyelésére. A SYBR Green módszert egy SYBR zöld színű fluoreszcens festékkel végezzük, és a kétszálú DNS előállításához a festék kötődését detektáljuk. A Taqman-t kettős jelzéssel ellátott szondák alkalmazásával végzik el, és detektálja a szonda Taq-polimerázzal való lebontásával történő amplifikációt Taq-polimerázzal és a fluorofor felszabadulását a 02. ábrán bemutatott módon. Mindkét módszer az amplifikációs folyamat előrehaladását és a termék valós idejű.
Valós idejű PCR alkalmazások széles köre, mint a génexpresszió meghatározása, a mikroRNS és a nem kódoló RNS analízis, az SNP genotipizálás, a kópiaszám-variánsok kimutatása, ritka mutációk kimutatása, géntechnológiával módosított organizmusok kimutatása, fertőző ágensek kimutatása stb.
02. ábra: Kvantitatív PCR-technika
Mi a különbség az RT PCR és a QPCR között?
- diff Artikkel Közel a táblázat előtt ->
RT PCR vs QPCR |
|
| Az RT PCR a gén expressziójának kimutatására használt módszer. | A QPCR technika, amely a DNS-t felerősíti és a PCR-termékeket valós időben számszerűsíti. |
| Fordított transzkriptáz enzim bevonása | |
| Az RT enzimes reverz transzkriptáz RT-PCR-hez alkalmazható. | Az enzim reverz transzkriptáz nem alkalmazható QPCR-re. |
| Fluoreszcensen felcímkézett molekulák használata | |
| A fluoreszcensen jelzett festékeket vagy próbákat nem használják RT PCR-hez. | Fluoreszcensen jelzett festékeket vagy próbákat használnak a QPCR-hez. |
| A PCR-termék számszerűsítése | |
| Ha nem kapcsolódik QPCR-hez, az RT PCR nem számszerűsíti a PCR-terméket. | QPCR kvantitatív módon mérje meg a PCR terméket. |
| Indítóanyag | |
| A kiindulási anyag az mRNS. | A kiindulási anyag a DNS. |
| cDNS szintézise | |
| Kiegészítő DNS-t állítunk elő az RT PCR-ben. | Kiegészítő DNS nem keletkezik a QPCR során. |
Összefoglaló - RT PCR vs QPCR
RT PCR és QPCR a hagyományos PCR két változata. Az RT PCR technikát az mRNS mintákra hajtjuk végre, és ezt fordított transzkripció és cDNS előállítása hajtja végre. A QPCR-t PCR-termékek mennyiségi meghatározására használják a valós idejű PCR termikus ciklusok során fluoreszcens festékek vagy jelzett próbák alkalmazásával. A QPCR-ben a PCR-termék mennyiségét a kibocsátott fluoreszcens jelek képviselik. Az RT-PCR-t népszerűen amplifikációs eljárásként használják, míg a QPCR-t általában kvantitatív eljárásként használják. Ez a különbség az RT PCR és a QPCR között.
Referenciák:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo és GK Agrawal. "Valós idejű PCR: a gének forradalmi detektálása és expresszió-elemzése. "Aktuális genomika.Bentham Science Publishers Ltd., 2007. június Web. 2017. 03. 03.
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh és Jo Vandesompele. "Az FFPE minták egyenes és érzékeny RT-qPCR alapú génexpressziós analízise. "Természet Hírek. Nature Publishing Group, 2016. február 22. Web. 2017. 03. 03.
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon és C. Mathieu. "A valós idejű reverz transzkriptáz PCR alkalmazása a citokin gén expressziójának mennyiségi meghatározására. "Journal of Biomolecular Techniques: JBT. A biomolekuláris erőforrások egyesülete, 2003. márc. 2017. 03. 03.
Kép jóvoltából:
1. "Taqman" felhasználó szerint: Braindamaged - Az eredeti feltöltő (Public Domain) saját munkája a Commons Wikimedia alatt
2. "Fordított transzkripciós polimeráz láncreakció" Jpark623 által - Saját munka (CC BY-SA 3. 0) Commons Wikimedia alatt
